再生障碍性贫血患者根据病因、病情的不同，存活时间也大相径庭。急性重症再生障碍性贫血的患者发病急骤，进展迅速，病情危重，早期即出现严重的并发症，如严重贫血、出血、感染等。
少数患者可以出现高热，自发病至死亡均处于难以控制的高温之中。患者可以出现多部位、不同程度的出血。这类患者死亡率极高，大部分患者在发病一年内即死亡。
慢性再生障碍性贫血患者病程较长，从数年至数十年不等，生存时间的长短与疾病的严重程度、治疗情况、经济情况有关。许多患者病情轻微，进展不明显，通过输血治疗，疾病可以稳定多年。
骨髓移植或脐带血干细胞移植成功的再生障碍性贫血患者预后较未进行干细胞移植或移植不成功的患者好，但仍旧有部分患者疾病复发而最终导致死亡。
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