目前治疗肛周脓肿的手术方法主要是一期根治术和切开引流术。
简单地讲，一期根治术就是切开脓肿排脓、清创后，在肛窦部借助探针寻找脓肿的原发感染内口，然后打开内口，一次治疗成功，避免了形成肛瘘后再次手术。一期根治术的优点是节约时间和费用，使患者避免了二次手术的痛苦。能否准确地找到感染的内口是手术成败的关键，这不是每个肛肠医师都能掌握好的技术。
切开引流术就是先将脓肿切开排脓、清创，待屡管形成后，再按肛门瘘做第二次手术（临床上习惯地称为二期手术）。如此处理的优点是治疗稳妥，内口相对好找，缺点是患者需多接受一次手术痛苦，耗时间、费用也大。
现在对于孕妇、年老体虚者、有较严重内科疾病者和感染的内口一时难以确定者，为稳妥起见，还是先切开脓肿引流，然后行二期手术治疗。所以，是行一期根治术还是行切开引流术要视具体情况而定。
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